拓跋焘征服北凉后，原来定居在河西走廊的大批僧侣被迁到平城，佛教以平城为中心很快辐射传播到各地，而且传播的速度也远比江南快，等到了拓跋焘的后代孝文帝元宏时期，北方寺庙数量多达6700多座，僧侣数量7.7万多人。
如果只是寺庙多、僧侣多倒也还好，但拓跋焘发现佛教不断传播发展已经开始动摇国家的统治根基。
佛教让人安神静气修炼忍耐，和需要男儿跨马争天下的乱世时期显得格格不入。
人人都成佛了，谁再去沙场浴血搏杀。拓跋焘需要跨马杀敌的战士，而不是念佛诵经的僧人。
寺庙逐渐拥有的特权，也让寺庙积累起巨额财富。
政权统治者出于统治目的，全力扶植佛教，赏赐给寺庙大量田产，对这些田产，全都享有免税免役的政策。皇族贵胄为了让自已来生有所寄托，也经常向寺院捐献钱财和田产。
拥有了独立支配的大量田产，寺庙就聘佣大量社会人员在田产上耕种，参与耕种的人同样享有免服劳役的特权。看到有这么多好处，自已有田产的人也带着自已的田产纷纷依附寺庙。
这样，在种种特权庇佑下的寺庙，财富迅速聚集，为了提高收益，寺庙还从事有各种经营活动，比如高收益的典当，财富的聚集让来依附的人口也越来越多。
宗教已经成为让统治阶层感到恐惧的一股社会力量。
和平时期国家要维持运转，就要收税，可寺庙的财富全部免税。
君主出于享乐或是战备需求，需要有精壮劳动力服劳役干活，而依附在寺庙的人全部免服劳役。
战时需要征兵，需要征集军粮，属于寺庙名下的人和财产根本不能指望。
这一切让危机感很强的拓跋焘时时寝食难安。
拓跋焘自已也不信奉佛教，而对道教更加认同，拓跋焘自已的年号“太平真君”就有明显的道教痕迹。崔浩和寇谦之也十分信奉道教，崔浩也经常向拓跋焘进言，认为佛教虚幻荒诞，占据着大量财富和劳动力，应该全部消灭掉。
僧人们的不检点，也让佛门圣地污垢丛生。
在平定盖吴的叛乱时，拓跋焘带兵进入长安。在一座佛教寺院休整时，庙里和尚带着拓跋焘的侍从将官们到庙里喝酒吃肉。喝得高兴将官们在寺内到处闲逛参观，等参观到和尚们居住房间时，看到房间里竟存放着大量的兵器。历朝历代私藏兵器都是重罪，更何况还处于叛乱尚未平定的动荡时期，谁知道这群和尚会不会拿起兵器削掉自已的脑袋？被当场吓得酒醒的将官们快速退出寺庙，向拓跋焘做了报告。
拓跋焘勃然大怒，说：“私藏兵器不是寺庙应该使用的东西，他们一定是同盖吴相通作乱的。”于是，命令下令军队攻入寺庙，把寺院的和尚全部杀死。等清点查封寺院的财产时，又发现了大量酿酒的工具，各州郡官员、富人们私藏在这里数以万计的黄金珠宝，更上火的是，在寺庙的一个密室里，发现了很多藏匿起来的青年妇女。
这些青年妇女显然不是来烧香还愿的，画面可完全自行脑补。
藏匿兵器、隐匿财宝、聚众，这哪里还是恪守清规戒律的清净之地，就是个十足的藏污纳垢的污秽场所。
拓跋焘怒不可遏
崔浩趁机劝说拓跋焘把僧人全都斩尽杀绝，毁掉佛经佛像。寇谦之虽然也不喜欢佛教，但也不像崔浩这样如此极端，百般劝阻，但崔浩坚持已见不为所动。
拓跋焘接受了崔浩的建议，决定开始轰轰烈烈的灭佛行动。
在少数败类的恶劣影响下，让无数信仰坚定的大师和信徒多年心血付诸东流，佛教迎来进入中土后的第一次法难。
长安所有的僧侣首先被杀，佛经被收缴焚毁，寺院内佛像被捣毁，寺庙占用的良田土地全部被收归国有。
一边解决着长安的事情，拓跋焘发挥不死不休的精神，一边把灭佛运动推到全国。
下诏命令全国五十岁以下的僧侣，全部还俗。
对不打算还俗的，好办，提前送往极乐世界。
对胆敢藏匿僧侣的人，拓跋焘十分贴心地提供了连坐制度。
拓跋焘下令，全国从王公贵族到平民百姓，凡是在家供养僧侣、巫师的人，限期一个月内把僧侣、巫师全部送到官府活埋处死。逾期不交和隐匿不报的，满门抄斩。
北魏境内所有佛像和佛经全部捣毁焚烧。
全国寺庙和寺庙的田地财产全部收归国有。
一时间，北魏境内的僧人们风声鹤唳，惶惶不可终日，纷纷逃亡到山里和南方避难，焚烧佛塔寺庙经书烈焰腾空，黑烟滚滚。
拓跋焘的太子拓跋晃平素就喜欢佛法，多次劝谏拓跋焘，但拓跋焘不听。拓跋晃只好采取拖延战术，对拓跋焘的诏令延期慢慢下发全国，对报上来的待处置的奏章缓缓处理，让僧人们有足够的时间转移经书佛像，想办法脱身躲藏。
佛教的这场浩劫一直持续到几年后拓跋焘去世才逐渐平息，在北方的佛教终于逐渐恢复。
但佛教和皇权之间还没找到有效的共处途径，这种法难浩劫并不只有一次。
拓跋焘身后一百多年后，代魏而起的北周武帝宇文邕再一次掀起了灭佛运动。宇文邕之后的二百多年后，唐朝的唐武宗李炎开始了第三次灭佛。唐武宗后的一百年，五代十国时期的后周世宗柴荣发起了第四次灭佛活动。拓跋焘死后被谥号为太武帝，这四次灭佛统称为“三武一宗灭佛”。
几次皇权和佛权的激烈碰撞，中央政府也逐步加强了对佛教的管理，自宋代之后，中央政府对佛教的管理日趋严密。
所有寺院必须在官方登记，接受官方统一管理。
寺院的主持需由官府任命和认可，对那些采取师徒继承的寺院，一旦继承关系中断，就必须纳入官府管理，
僧人必须持有官方发出的身份证——度牒，才是合法。
除少数皇家寺院，寺院免税免役的特权被终止，官府还会摊派修路修堤等各种工程给寺院，让寺院集资出钱，寺庙也不能拒绝。
逐渐失去了独立的人事权、管理权、财权的佛教，丧失了能和皇权分庭抗礼的资本。
就是在不断的让步和妥协中，佛教也逐渐和中央皇权开始了融洽共处，相互补充，某种程度上说这也是佛教能在中国不断壮大的基本。
必须说，中国几千年的治国大智慧，让宗教问题在中国并没有那么尖锐，也没有出现中世纪欧洲那样教权控制皇权的极端局面。
拓跋焘用灭佛这种极端的暴力方式，终于解决了佛教过度占用社会资源的问题，哪怕只是暂时的。
暂时解决了世族和宗教这两大矛盾问题，拓跋焘终于可以腾出精力去对付南方刘宋军队的攻击。
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